挾著實體通路資源轉戰網路，金石堂在物流配送、與出版社關係都享有優勢，不過包袱也確實存在，像網站上書籍價格比實體書店還低時，出版商仍會擔心影響實體通路的銷售，雖然目前網站與書店的行銷策略是分開運作，不過卻是同一批人在訂定促銷策略，因此才考慮將網路書店獨立成公司。
99年9月進行大幅改版，大舉進入網路書店市場的金石堂，迄今半年每月營業額已達百萬元，且仍穩定成長中，不過，從實體通路轉戰網路，金石堂面臨兩種通路的書籍價格相衝穾問題，為此正與元碁資訊規劃將旗下的電子商務部獨立成公司，預計今年中問世，同時也與大陸的網路書店業者洽談合作，下半年進軍中國市場。
金石堂兩年前即與元碁合作，在網路上銷售書籍，當時一個月的進帳才10萬元，至去年9月，金石堂成立電子商務部，改變與元碁的合作模式捲土重來，當時單週營業額即已成長至30萬元，迄今每月業績更提升到100萬元。
金石堂副總經理陳斌表示，挾著實體通路的資源轉戰網路，在物流配送的處理、與出版社關係都享有優勢，不過包袱也確實存在，像網站上敗賣的書籍價格比實體書店還低時，書店與出版商都會擔心影響實體通路的銷售，雖然目前網站與書店的行銷策略是分開運作，不過卻是同一批人在訂定兩個通路的促銷策略。
為解決網站與實體通路相衝穾的問題，金石堂正與元碁資訊正規劃將「AcerMall金石堂網路書店」獨立成公司，新公司將整合兩家企業的人馬，預計今年中會成立。
而積極發展網路書店，金石堂仍會大舉擴張實體書店的據點，預計從目前的80多家至今年底達成300家的目標，也就是台灣通路點如此密集，金石堂將網路書店的功能定位在彌補實體通路的不足，真正有利潤的市場則著眼在大陸。
陳斌表示，金石堂的目標是成為最齊全的華文網路書店，除了台灣的書籍之外，也會網羅大陸與香港的出版品，目前正與中國現代書坊及香港的網路書店業者洽談合作，希望藉由他們的物流體系打入中國市場，同時也可避開大陸出版品管制的問題。
