由於關聯式資料查詢的SQL語言，無法完美地處理XML文件。1998年W3C聯盟召集一個工作小組，討論XML文件查詢的方案，工作小組主要的成員包括IBM、AT&T、BEA、貝爾實驗室、DataDirect、微軟及Oracle等。
XML文件是分層或樹狀結構的資料，已逐漸挑戰SQL資料庫的地位，與SQL資料庫不同的是，XML文件能描述自身的內容及標籤。XQuery未來可能有機會取代SQL語法。在XML文件中，元素之間的巢狀結構和先後順序記錄在文件中，因此查詢和儲存XML文件時，次序變得非常重要。然而處理文件和處理資料之間，存在一些基本的差異，XQuery和XPath提供了解決方案，可彌補SQL語言對文件結構進行遍歷和搜尋上的不足。
XQuery是一種為XML所設計，類似SQL的程式語言，包含For、Let、Where、Sortby及Return等表達式，整數、浮點數、字串、日期、時間及XML相關的資料型態，也可設定序列，可說是Xpath的延伸。與Xpath不同的是，XQuery提供一系列的資料類型和控制結構的程式編輯環境，可從XML文件與包含XML的資料庫中，查詢或擷取資料。而XPath是一種可以尋找節點位置的路徑語言，如同硬碟資料夾的檔案路徑，使用一系列的字串，用以描述XML文件中各種元素或節點的位置。
關聯式資料庫和XML的結構，卻有著極大的差異，為了要記錄這些XML的資料，Oracle，IBM，Microsoft，和Sybase等資料庫的大廠，已紛紛提供設計的工具，協助企業處理XML和關聯式資料庫之間的轉換。
在XML資料交換之際，格式的轉換可能會延長XML資料交易的處理時間，甚至導致應用程式存取關連式資料庫的速度變慢。因此目前已有原生型XML資料庫被開發出來，如：Software AG發展的Tamino、eXcelon公司的eXcelon，與XML：DB的dbXML等。
所謂原生性XML資料庫，是指在資料儲存的格式上，完全依照XML資料的階層化結構（DTD格式），而非透過轉換器使XML資料儲存於關聯式資料庫中，或由關聯式資料庫抓取資料，再轉換成為XML資料格式。不過，由於現今企業仍多是使用關聯式資料庫，因此，資料庫和XML資料間的相互轉換的機制，目前還是比較實際可行的方法。文⊙李延華
